Kariera szefa dyplomacji
W wyniku wygranych na mocy Niemiecką Partię Socjaldemokratyczną (SPD) wyborów w Niemczech, 27 września 1998 roku utworzony został prymarny w historii Niemiec rząd składający się z członków partii SPD i połączenie 90/Zieloni kanclerza Gerharda Schrödera. Funkcję wicekanclerza i ministra spraw zagranicznych powierzono Joschce Fisherowi.
W 1998 roku jak zwierzchnik dyplomacji poparł interwencję wojsk w rejonie Bałkanów, co wywołało oburzenie w środowisku politycznym Zielonych, z przyczyny na pacyfistyczne postawa tej partii aż do wszelkich konfliktów. Podobna położenie miała punkt po zamachach na Waszyngton i nietradycyjny Jork 11 września 2001 roku, w toku gdy owo doszło aż do ataku na Afganistan. Sprzeciwił się przeciwko zaś interwencji wojsk międzynarodowych w Iraku w 2003 roku. Krytycy polityki Fischera, uważają że jego działania mijają się z pierwotnymi celami partii Zielonych, natomiast wielu działaczy na znak protestu opuściło szeregi partii.